Geboren wurde er 1942 in Lausanne. Aufgewachsen ist er in Küsnacht/ZH. In Zürich und Biel absolvierte er die Kunstgewerbeschule. Danach arbeitete er als selbstständiger Werbegrafiker in Paris, Zürich und Biel. Seit 1972 ist Jörg Müller als Illustrator tätig.

Seine Bilderfolge «Alle Jahre wieder saust der Presslufthammer nieder» machte ihn 1973 bekannt und brachte ihm im folgenden Jahr den Deutschen Jugendbuchpreis ein. Ab 1975 entstanden die mit Jörg Steiner geschaffenen Bilderbücher, zum Beispiel «Der Mann vom Bärengraben», «Aufstand der Tiere», «Peter und der Wolf», «Was wollt ihr machen, wenn der schwarze Mann kommt?» und andere.

Unter den Auszeichnungen, welche die beiden Autoren dafür erhielten, sind der Gustav-Heinemann-Friedenspreis, der Deutsche Jugendliteraturpreis und der Kulturpreis der Stadt Biel zu erwähnen. Jörg Müller erhielt überdies für sein Gesamtwerk den Hans-Christian-Andersen Preis.

Er hat auch Bühnenbilder für das Bieler Operntheater geschaffen und einige Wandbilder (so etwa im Kino Rex). Zugleich kann Jürg Müller ein «archäologisches Werk» vorweisen: Namentlich mit dem Mittelalterarchäologen Jürg E. Schneider sind Illustrationen bzw. Rekonstruktionen für diverse Publikationen entstanden.